第二重殿原来供奉阿底峡大师生前由印度带往西藏供奉的一尊度母像、一尊释迦像及一座印度式小佛塔，但现今只馀下佛像及佛塔，度母像已不知所踪。殿中的 皿本来装着阿底峡大师的骨灰舍利，但舍利据说在六十年代被送回印度孟加拉供奉，现在殿中只供着原来装载遗灰舍利的 皿。

  第叁殿是阿底峡大师生前说法的地方。殿的中央为大师常年开示时所坐之法座。法座前有一尊大师像，这是在大师在生时所塑造的两尊阿底峡像之一。殿堂後方的无量寿佛是泥塑的。在当年造像的时候，阿底峡大师亲自为造像用的、一把一把的泥巴加持，诵念了许多遍无量寿佛咒。

  在殿外的走廊上，有两座白色的佛塔，其中一座供有阿底峡大师的袈裟，另一座内藏松顿巴大师（阿底峡大师的心子）的衣袍。

  在寺院对面有一条泥路，路的尽头是一间小殿，殿内有两个佛塔。这两座佛塔建於阿底峡大师圆寂的地点上。对一般的观光客而言，这座佛塔并无甚麽特别值得一看之处。但对藏传佛教徒来说，它是极有宗教意义的圣地。

  度母寺反映着十一世纪的西藏寺院建筑及工艺风格，明显地带有浓厚的印度风格影响，这是在其後期寺院建筑中鲜见的。阿底峡大师的晚年几乎一直住在度母寺及附近地带。由於大师对佛教的重大贡献，在他圆寂後，度母寺成为了拉萨附近其中之一个朝圣的重点。